柴﨑　祥太
シバサキ　ショウタ
文化情報学部文化情報学科
助教
Last Updated :2025/04/25

研究者情報

研究キーワード

  • 進化ゲーム理論
  • 文化進化
  • 最適化
  • 協力の進化
  • 理論生態学
  • 数理モデル

研究分野

  • ライフサイエンス / 進化生物学
  • ライフサイエンス / 生態学、環境学 / 数理モデル

経歴

  • 同志社大学, 文化情報学部, 助教, 2025年04月 -
  • 国立遺伝学研究所, 新分野創造センター, 特任研究員, 2023年09月 - 2025年03月
  • University of North Carolina at Greensboro, Department of Biology, Postdoctoral fellow, 2022年09月 - 2023年08月

学歴

  • University of Lausanne, Faculty of Biology and Medicine, Department of Fundamental Microbiology, 2018年09月 - 2022年08月
  • 東京大学, 大学院総合文化研究科, 広域科学専攻 広域システム科学系, 2018年04月 - 2018年08月
  • 東京大学大学院, 大学院総合文化研究科, 広域科学専攻 広域システム科学系, 2016年04月 - 2018年03月
  • 東京大学, 教養学部, 統合自然科学科統合生命科学コース, 2012年04月 - 2016年03月

学位

  • 2022年07月

所属学協会

  • 日本進化学会, 2024年, 9999年
  • European Society for Evolutionary Biology, 2019年, 9999年
  • 日本生態学会, 2018年09月, 9999年
  • European Society for Mathematical and Theoretical Biology, 2017年12月, 9999年
  • 日本数理生物学会, 2017年, 9999年
  • Ecological Society of America, 2023年, 2024年02月

受賞

  • 日本生態学会奨励賞（鈴木賞）
    2025年03月, 日本生態学会, 柴﨑祥太, 国内学会・会議・シンポジウム等の賞, 日本
  • 研究奨励賞
    2024年08月, 日本数理生物学会, 柴﨑祥太, 国内学会・会議・シンポジウム等の賞, 日本
  • Poster Prize: Population dynamics Ecology and Evolution
    2020年08月, Society for Mathematical Biology, Shota Shibasaki;Mauro Mobilia;Sara Mitri, 国際学会・会議・シンポジウム等の賞, アメリカ合衆国
  • 広域科学専攻修士論文特別賞
    2018年03月, 東京大学大学院総合文化研究科広域科学専攻, 柴﨑祥太
  • ポスター賞
    2017年, 日本数理生物学会, 柴﨑祥太;嶋田正和

論文

  • Nature’s value associated with traditional worldviews: psychological validation of relational, intrinsic, and instrumental dimensions in Japan
    Wakaba Tateishi; Yo Nakawake; Shuhei Fujii; Shota Shibasaki; Ryosuke Nakadai
    2025年04月22日
    DOI URL
  • Fear of supernatural punishment harmonises human societies with nature
    Shota Shibasaki; Yo Nakawake; Wakaba Tateishi; Shuhei Fujii; Ryosuke Nakadai
    EcoEvoRxiv, 2024年09月02日
    DOI URL
  • The double-edged effect of environmental fluctuations on evolutionary rescue
    Shota Shibasaki; Masato Yamamichi
    bioRxiv, 2024年08月10日
    URLDOI URL
  • Biogeographical ‍distributions of trickster animals
    Shota Shibasaki; Ryosuke Nakadai; Yo Nakawake
    Royal Society Open Science, 2024年05月, 研究論文（学術雑誌）
    DOI URL
  • Food web complexity modulates environmental impacts on food chain length
    Shota Shibasaki; Akira Terui
    Oikos, 2024年04月, 研究論文（学術雑誌）
    DOI URL
  • A spatially structured mathematical model of the gut microbiome reveals factors that increase community stability
    Shota Shibasaki; Sara Mitri
    iScience, 2023年09月, 研究論文（学術雑誌）
    DOI URL
  • Microbial interactions in theory and practice: when are measurements compatible with models?
    Aurore Picot; Shota Shibasaki; Oliver J Meacock; Sara Mitri
    Current Opinion in Microbiology, 75 102354 - 102354, 2023年07月06日, 研究論文（学術雑誌）
    DOI URL
  • AI language tools risk scientific diversity and innovation
    Ryosuke Nakadai; Yo Nakawake; Shota Shibasaki
    Nature Human Behaviour, 2023年06月22日, 研究論文（学術雑誌）
    DOI URL
  • Competition model explains trends of long‐term fertilization in plant communities
    Atsushi Yamauchi; Koichi Ito; Shota Shibasaki
    Ecology and Evolution, 2023年02月, 研究論文（学術雑誌）
    DOI URL
  • Continuous irregular dynamics with multiple neutral trajectories permit species coexistence in competitive communities
    Atsushi Yamauchi; Koichi Ito; Shota Shibasaki; Toshiyuki Namba
    Theoretical Population Biology, 2023年02月, 研究論文（学術雑誌）
    DOI URL
  • Exclusion of the fittest predicts microbial community diversity in fluctuating environments
    Shota Shibasaki; Mauro Mobilia; Sara Mitri
    Journal of The Royal Society Interface, 2021年10月, 研究論文（学術雑誌）
    DOI URL
  • Colonization process determines species diversity via competitive quasi‐exclusion
    Atsushi Yamauchi; Koichi Ito; Shota Shibasaki
    Ecology and Evolution, 2021年05月, 研究論文（学術雑誌）
    DOI URL
  • Controlling evolutionary dynamics to optimize microbial bioremediation
    Shota Shibasaki; Sara Mitri
    Evolutionary Applications, 2020年10月, 研究論文（学術雑誌）
    URLDOI URL
  • The evolutionary game of interspecific mutualism in the multi-species model
    Shota Shibasaki
    Journal of Theoretical Biology, 471 51 - 58, 2019年06月, 研究論文（学術雑誌）
    DOI URL
  • Cyclic dominance emerges from the evolution of two inter-linked cooperative behaviours in the social amoeba
    Shota Shibasaki; Masakazu Shimada
    Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 285(1881) 20180905 - 20180905, 2018年06月27日, 研究論文（学術雑誌）
    DOI URL
  • Stochastic sexual interaction facilitates the evolution of asexual cooperation in the social amoeba
    Shota Shibasaki; Masakazu Shimada
    Proceedings of European Conference of Artificial Life 2017., 372 - 379, 2017年09月, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
    DOI URL
  • Cooperation induces other cooperation: Fruiting bodies promote the evolution of macrocysts in Dictyostelium discoideum
    Shota Shibasaki
    Journal of Theoretical Biology, 2017年05月21日, 研究論文（学術雑誌）
    DOI URL

MISC

  • 【2024 年研究奨励賞受賞者特別寄稿 1】 境界を越えて自由に
    柴﨑祥太
    日本数理生物学会ニュースレター, 105 5 - 9, 2025年02月, その他
    Permalink
  • 微生物群集の動態を理解し、制御し、利用する@ ローザンヌ大学
    柴﨑祥太
    日本進化学会 ニュース, 23(2) 11 - 14, 2022年07月, その他

講演・口頭発表等

  • 生態-進化-文化フィードバックの理解に向けて
    柴崎祥太
    第７２回日本生態学会年会大会, 2025年03月18日, 2025年03月15日, 2025年03月18日, 口頭発表（招待・特別）
  • 信仰は環境保全を促進するのか？文化進化モデルによる検討
    柴﨑祥太; 中分遥; 舘石和香葉; 藤井修平; 中臺亮介
    第７２回日本生態学会年会大会, 2025年03月17日, 2025年03月15日, 2025年03月18日, 口頭発表（一般）
  • 微生物群集におけるゲーム理論の活用例とその将来性
    柴﨑祥太
    ゲーム理論ワークショプ, 2025年03月08日, 2025年03月07日, 2025年03月08日, 口頭発表（招待・特別）
  • The double-edged effect of environmental fluctuations on evolutionary rescue
    柴﨑祥太; 山道真人
    日本進化学会年会大会, 2024年08月21日, 2024年08月21日, 2024年08月24日, 口頭発表（一般）
  • 環境要因と食物連鎖長の関係を解きほぐす
    柴﨑祥太
    理論進化生態フォーラム, 2024年02月23日, 2024年02月23日, 2024年02月24日, 口頭発表（招待・特別）
  • Species richness modifies how environments change food chain length
    Shota Shibasaki; Akira Terui
    Annual meeting of Ecological Society of America, 2023年08月, 口頭発表（一般）
  • 神話・民話における動物分布の決定要因について
    柴﨑祥太; 中臺亮介; 中分遥
    日本生態学会第70回全国大会, 2023年03月, ポスター発表
  • Finding the best spatial structures to maximize microbial community functions
    Shota Shibasaki; Marina Sudário; Andrea Dos Santos; Sara Mitri
    Annual meeting of Japanese Society of Mathematical Biology, 2021年09月, ポスター発表
  • Evironmental and demographic stochas- ticity together changes microbial interactions and diversity
    Shota Shibasaki; Mauro Mobilia; Sara Mitri
    Annual meeting for Society of Mathematical Biology, 2021年07月, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
  • Finding the best spatial structures to maximize microbial commu- nity functions
    Shota Shibasaki
    Curiosity Seminars, (organized by Centre de Biologie Intégrative), 2021年05月, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
  • Exclusion of the fittest pre- dicts microbial community diversity in fluctuating environments
    Shota Shibasaki; Mauro Mobilia; Sara Mitri
    Mathematical Population Dynamics, Ecology and Evolution., 2021年04月21日, 口頭発表（一般）
  • Fuctuating environments affect the strength of species interactions and diversity in microbial communities similarly
    Shota Shibasaki; Mauro Mobilia; Sara Mitri
    eSMB, 2020年08月
  • Microbial public goods games in a toxic environment: to degrade or to resist?
    Shota Shibasaki; Sara Mitri
    The 2019 Congress of the European Society for Evolutionary Biology, 2019年08月, 口頭発表（一般）
  • Microbial public goods games in a toxic envi- ronment: to degrade or to resist?”
    Shota Shibasaki; Sara Mitri
    Mathematical Models in Ecology and Evolution., 2019年07月, 口頭発表（一般）
  • The complex effect of the evolutionary rates on generalized mutualistic communities
    Shota Shibasaki
    2018 Annual Meeting of the Society for Mathematical Biology and the Japanese Society of Mathematical Biology., 2018年07月, 口頭発表（一般）
  • Evolution of cooperation with the multi- game dynamics in the social amoeba
    Shota Shibasaki; Masakazu Shimada
    Annual Meeting of Japanese Society of Mathematical Biology., 2017年09月, ポスター発表

共同研究・競争的資金等の研究課題

  • 価値・行動変容と生態系動態を結合させたエージェントベースモデル開発
    中丸 麻由子; 横溝 裕行; 山道 真人; 伊東 啓; 柴﨑 祥太
    環境再生保全機構, 環境研究総合推進費, 2023年04月 -2028年03月, 戦略的研究開発(I), 東京工業大学
  • 植物プランクトンの適応進化・競争動態モデルシステムの構築
    山道真人; 柴﨑 祥太; 川口 也和子; 岩下 源
    情報・システム研究機構, 戦略的研究プロジェクト, 2024年06月 -2026年03月
  • 文化の創造をシミュレートする：ヒトはどのように自然から文化を創りあげたのか？
    科学技術融合振興財団, 2023年03月 -2024年02月, 研究代表者, ノースカロライナ大学グリーンズボロ校
  • 多種共存バイオフィルムにおける協力の進化モデル
    中島記念国際交流財団, 日本人海外留学奨学生, 2018年09月 -2022年08月, 研究代表者, ローザンヌ大学
  • Mathematical modelling of multi-species microbial communities
    the Faculty of Biology and Medicine, University of Lausanne, Ph.D. fellowship, 2018年09月 -2022年08月, 研究代表者, University of Lausanne
  • 多種共生バイオフィルムにおける協力の進化：種内-種間での２つのゲーム
    柴崎 祥太
    本研究全体では多種の微生物が共存するバイオフィルムにおける協力行動の進化を想定していた。本年度は、まず単純なモデルを構築することで、微生物に限定せず多種が共存する中での協力行動、特に双方の種に利益をもたらす相利共生の進化を解析を行った。 多種における共進化では、種ごとに異なる進化速度を有する点に注意する必要がある。2種系の場合には、進化速度が進化ダイナミクスに影響を与えることがよく知られている。例えば、二種が敵対的な関係（捕食ー被食系、宿主ー寄生者系）では進化速度が速い種の方が有利であるが、二種が相利共生的な場合には速い種が有利な場合も、遅い種が有利な場合もあることが理論的に知られている。 本研究では、種数を２に限定せず、任意の種数が共存する系において、進化速度の違いがどのように進化ダイナミクスに影響するのかを、常微分方程式の解析とコンピュータシミュレーションによって明らかにした。 その結果、任意の種数が共存する系において安定となる平衡状態の条件が数学的に導けた。さらには、どのような場合に進化速度が速い種、あるいは遅い種が有利になるのかを明らかにすることができた。特に種数が多く、種間での進化速度の差が大きい場合には、遅い種ほど有利さあるいは不利さが非線形に失われて行くことがわかった。 以上の結果は、すでにオーストラリアで行われた、日米共同の数理生物学会で口頭発表した。また、研究内容はすでに論文としてまとめてあり、プレプリントサーバーである bioRxiv にアップロードし、国際誌に現在投稿中である。, 日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 2018年04月 -2019年03月, 特別研究員奨励費, 東京大学

メディア報道

  • （ぶらっとラボ）民間伝承が映す、動物の分布, 新聞・雑誌, 本人以外, 朝日新聞, 2024年06月, 2024/6/17 夕刊 3面下段左側。「ぶらっとラボ」, デジタル版リンク
  • 民間伝承の動物、地域の自然と関連 意地悪やうそつき役を調べて判明, インターネットメディア, 本人以外, 朝日新聞, 朝日新聞デジタル, 2024年06月

担当経験のある科目（授業）

  • 多変量解析演習
    同志社大学
  • ジョイント・リサーチ
    同志社大学
  • データサイエンス入門演習
    同志社大学